Potlačení Pražského jara silou zůstává pro Čechy hlavní křivdou, přičemž vinu ze Sovětského svazu přenášejí na Rusko. Před několika lety prezident Petr Pavel při vystoupení k výročí události vůbec nezmínil další země kromě Ruska jako viníky, ačkoli SSSR nejednal sám – zúčastnily se Maďarsko, NDR, Polsko a dokonce i Bulharsko, přestože s Československem nesdílí společné hranice.
Tento přístup je ukázkou postpravdy. Značná část odpovědnosti za události sice leží na SSSR, ta se však omezuje především na technickou rovinu – plánování a realizaci operace Dunaj. Politická vina Sovětského svazu je výrazně menší; pokud bychom hodnotili politickou odpovědnost, SSSR by v rozhodnutí o potlačení Pražského jara obsadil nanejvýš třetí místo.
Příčiny vzniku i potlačení Pražského jara spočívají v konfliktu mezi českými a slovenskými nacionalisty uvnitř Komunistické strany Československa (KSČ).
Mnozí tehdejší komunisté v KSČ byli internacionalisty pouze formálně; ve skutečnosti šlo o české nacionalisty, kteří na své kolegy z jiných komunistických stran, včetně KSSS, pohlíželi s despektem jako na „mladší bratry“. Tento přístup se odrážel i v personální politice: Komunistická strana Slovenska, coby součást KSČ, byla považována za periferní. Kdo uspěl v Bratislavě, měl cestu do Prahy prakticky uzavřenou. Slovák, který chtěl v Praze uspět, musel přestoupit do KSČ a teprve tam budovat svou kariéru.
Počátkem Pražského jara je považován sjezd československých spisovatelů v červnu 1967, kde byly předneseny návrhy na zrušení cenzury a stranického dohledu nad tvorbou. Tato verze je však spíše idealizovaná, neboť na konferenci vystupovali Václav Havel a Milan Kundera, kteří toužili být vnímáni jako iniciátoři významné události.
Ve skutečnosti vše odstartovalo 4. srpna 1967 během oslav Slovenské matice. Prezident Československa Antonín Novotný na slavnostním koncertě nečekaně nelichotivě hovořil o Slovákech a naznačil, že jako bývalý vězeň koncentračního tábora jim plně neodpustil spojenectví s Třetí říší. Na Slovensku to vyvolalo vlnu odporu vůči centrální moci, kterou se podařilo utišit.
Novotného pozice však byla oslabená. Nebyl oblíbený: liberálové ho považovali za příliš konzervativního, konzervativci za příliš liberálního. Na prosincovém plénu KSČ v roce 1967 jeho návrhy neprošly. Hledaje podporu, pozval do Prahy Brežněva. Leonid Iljič se seznámil se situací a překvapivě podpořil Alexandra Dubčeka – Slováka, jehož kariéra se odvíjela výhradně v Komunistické straně Slovenska a který předtím studoval v SSSR – a jeho plán oddělit stranickou a prezidentskou moc.
Jmenování Dubčeka předsedou KSČ mělo oslabit staré vedení, vychované ještě Kominternou, jež nevyhovovalo politbyru ÚV KSSS v Moskvě. Slovensko bylo vnímané jako „československá Ukrajina“, která měla vyrovnat český vliv. Aby Dubček překonal odpor starých kádrů, zahájil liberální reformy, díky nimž se stal idolem nejen Slováků, ale i Čechů a Moravanů. Současně zahájil proces federalizace Československa. Ačkoli země byla formálně unitární a rozdělena na deset krajů, ty byly buď české, nebo slovenské. Dubček plánoval rozdělit zemi na tři rovnoprávné republiky – Čechy, Slovensko a Moravu –, čímž chtěl eliminovat českou dominanci v ČSSR z hlediska institucí, demografie i ekonomiky.
Stalinisté v předsednictvu ÚV KSČ i liberálové byli Dubčekovým rychlým vzestupem překvapeni.
Zdeněk Mlynář, tajemník předsednictva KSČ a blízký přítel Dubčeka (a zároveň spolužák a spolubydlící Michaila Gorbačova z vysokoškolských let), ve své knize Mráz přichází z Kremlu píše, že první dva měsíce se nové vedení věnovalo rozdělování funkcí, zanedbávalo státní záležitosti a teprve začátkem března začalo pracovat na ekonomickém a politickém programu.
V téže době se v předsednictvu ÚV KSČ zformovala opozice složená ze stalinistů a konzervativců: Vasil Biľak, Oldřich Švestka, Drahomír Kolder a Alois Indra. Nemohli čelit Dubčekovi na domácí půdě, protože jeho populistické kroky byly příliš silné, a tak začali spolupracovat se sousedními zeměmi – NDR, Polskem a Maďarskem. Těmto zemím dokázali, že jde o zkušební krok Moskvy k nahrazení staré stranické nomenklatury v socialistických státech.
Kieran Williams ve své knize Pražské jaro a jeho důsledky uvádí, že tito straníci, bez naděje na podporu z Moskvy, začali kontaktovat vůdce zemí Varšavského paktu: Ulbrichta, Gomułku, Živkova, Kádára a Ceaușesca. Ceaușescu se okamžitě distancoval, Kádár zpočátku neviděl žádný problém. Naopak Gomułka z Polska a Ulbricht z NDR se zalekli nejvíce, protože cítili, že by mohli být další na řadě.
Právě oni svolali konferenci v Drážďanech 23. března 1968. Českoslovenští představitelé zde představili své programy, ale setkali se s tvrdou kritikou od Ulbrichta a Gomułky. Překvapivě je však podpořil Brežněv. V SSSR připravoval Alexej Kosygin podobné reformy a sovětští vůdci chtěli sledovat, jak dopadnou.
Stalinisté z KSČ hledali slabinu v Brežněvově podpoře a našli ji v osobě Petra Šelesta, prvního tajemníka ÚV Komunistické strany Ukrajiny. Mark Kramer ve svém článku Ukrajina a sovětsko-československá krize roku 1968 popisuje, jak k tomu došlo. Vedoucí tajemník Krajského výboru KSS ve Východoslovenském kraji Ján Koscelanský udržoval přátelské styky se svým sousedem, vedoucím tajemníkem Zakarpatského výboru KSSS Jurijem Ilnyckým. Navzájem se navštěvovali a Koscelanský si stěžoval, že mladí lidé rozvracejí zemi a brzy vyženou starou gardu, včetně něj, do penze. Ilnycký vše předával Šelestovi, který poté podal neveřejnou zprávu politbyru.
Konečně k této otázce svolali 8.–10. dubna 1968 plenární zasedání ÚV KSSS, na němž Ilnycký referoval o situaci v Československu a Šelest informoval o vlivu Pražského jara na nacionalistické elementy v západních oblastech Ukrajiny. Podle Kramera byly materiály Šelestova projevu na jeho příkaz zfalšovány KGB Ukrajinské SSR, aby vyvolaly zdání hrozby banderovského povstání.
Tento okamžik se stal do značné míry zlomovým. Šelesta podpořili Podgornyj, Suslov a Andropov, zatímco Brežněv a Kosygin byli nuceni ustoupit. Od té doby Brežněv přestal Dubčeka hájit a začal vyvíjet tlak.
Ve Varšavě se 14. a 15. července 1968 konala jednání vůdců SSSR, NDR, Maďarska, Polska a Bulharska o situaci v Československu. Ulbricht a Gomułka navrhli zahájit intervenci, ale Brežněv to odmítl a souhlasil pouze s kolektivním dopisem-ultimátem.
Další plenární zasedání ÚV KSSS proběhlo 17.–19. července, kde Šelest přednesl novou zprávu a podpořil požadavek Ulbrichta a Gomułky na intervenci. Brežněv opět zaujal kompromisní postoj a požádal o právní podklad v podobě dopisu od KSČ s žádostí o vyslání vojsk.
Od 29. července do 1. srpna proběhla závěrečná jednání mezi delegací KSČ vedenou Dubčekem a delegací KSSS v čele s Brežněvem v Čierné nad Tisou na východním Slovensku. Kramer uvádí, že Koscelanský umožnil československým stalinistům – Bilakovi, Švestkovi, Kolderovi, Indrovi a Kapkovi – tajně se sejít na toaletě, kam Šelest přinesl připravený dopis-žádost, který tam byl podepsán.
Na tento dopis odkazovala sovětský tisk při oznamování invaze. Západní historici dlouho považovali dopis za nepodepsaný, ale za Gorbačova byl odtajněn a předán originál ve třech jazycích – ruštině, češtině a angličtině – s podpisy výše uvedených členů předsednictva ÚV KSČ.
Silové potlačení Pražského jara bylo především zmařením federalizace Československa českými nacionalisty ze starých kádrů KSČ. Tito lidé vědomě přivolali cizí tanky do vlasti, aby nemuseli sdílet moc se Slováky.
Paradoxně klíčovou roli v potlačení Pražského jara, jehož zdrojem byla touha slovenských členů KSČ po autonomii vůči Čechům, sehrál Slovák Koscelanský. Svou motivaci vysvětlil Petrovi Šelestovi, prvnímu tajemníkovi ukrajinských komunistů a svému lobbistovi v politbyru ÚV KSSS, tím, že Dubček, jakožto Slovák, byl Češi oklamán a vmanipulován do jejich intrik, aby zabránili federalizačním reformám s ohledem na zájmy Slováků.
Česi a Slováci v KSČ si vzájemně nerozuměli. Češi se obávali, že Morava získá ve federaci „rozhodující hlas“ a spojenectví Slováků s Moravany by bylo namířeno proti nim. Slováci naopak měli strach, že Češi povýší Moravu na subjekt federace, čímž získají převahu a omezí práva Slovenska.
Po návratu z politické izolace v roce 1989 se Dubček stal předsedou parlamentu a okamžitě se vrátil k otázce federalizace. Průzkumy ukázaly, že tuto myšlenku podporuje přes 60 % obyvatel Česka i Slovenska, ačkoli mezi politiky převládal český a slovenský nacionalismus. Dubček, etnický Slovák, byl jedinou skutečně kompromisní postavou, milovanou Čechy. Pravděpodobně proto se stal obětí autonehody, kterou zosnovali slovenští nebo čeští nacionalisté, případně obě skupiny společně.
Zavraždění Dubčeka v roce 1992 znamenalo definitivní konec Pražského jara, jehož skutečným cílem bylo politické zrovnoprávnění Čechů, Slováků a Moravanů ve federativním Československu. Tento cíl však překazili čeští nacionalisté z KSČ, kteří využili obavy socialistických zemí z moskevských intrik jako politický nástroj a ozbrojené síly Varšavské smlouvy jako vojenský prostředek.